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Plusieurs causes possibles et connues:
1) Locators gauche et droite mal placés. Il faut impérativement que tu aies une selection active au moment de l'export. Sélectionne ta part la plus longue et appuie sur Ctrl+A puis P pour t'assurer que ta sélection est bonne. Attention également que ceux-ci ne soient pas inversés.
2) Utilisation de bus inexistants ou occupés durant l'export.
3) uv22(dither) en slot 7 ou 8 (a changer, bug)
4) Taux d'échantillonage incompatible avec ta carte son.
5) Mangez plus de bananes
6) Ne jamais utiliser des caractères de type /><}{]dans le nom de ton fichier d'export.
7) Automation: Vérifier que celle-ci ne mute pas tes pistes.
8) Au cas où et sans insinuation aucune: ce problème est typique et connu des versions pirates circulant de Cubase LE, SE, SX. Auquel cas le seul remède est de se procurer une version officielle du commerce, ou plutot diriger les questions concernant les problèmes sur ce produit au groupe de pirates ayant distribué illégallement le logiciel.
Bon courage.