Après avoir été un des fondateur du Studio 4°C en 1986, il débute sa carrière de réalisateur en 1987 avec "Franken's Gear", segment de l'omnibus Robot Carnival. En 1988, il fut co-directeur de l'animation sur le mythique Akira. En 1991, il écrit et réalise son premier film "Tobe ! Kujira no piku" (Peek la baleine). En 1995, il réalisa le premier sketch de Memories, "Magnetic Rose".Mais la plupart du temps, Morimoto crée surtout des clips et des court-métrages, le dernier en date étant le sketch "Beyond" pour Animatrix. Il a un rapport très spécial avec la musique, élément catalyseur de son travail. Il est aussi réputé pour se faire refuser de nombreux projets, et pour passer beaucoup de temps sur ses storyboards. Il rebondit toujours sur les refus pour améliorer et revoir ses idées. Il tente de garder ce qu'il appelle une "tension" dans son travail, mélange d'enthousiasme, d'energie et de motivation.
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