Oui, l'arduino est une plateforme de développement, donc tu peux effectivement écrire ton atmega sur l'arduino et ensuite mettre ta puce sur son circuit définitif. On voit des pins FTDI sur le "test model" du master clock generator ; c'est une autre manière d'écrire l'atmega, mais bon, 20€ le câble FTDI...
L'arduino n'a pas besoin d'un ordi pour fonctionner, il lui faut juste une alimentation entre 9 et 12v DC, qui seront ramenés à 5v par un régulateur.
Avantages :
-possibilité de le programmer par USB : pas besoin de câble spécial.
-fiabilité : tu peux être sûr à 99% que l'atmega a bien démarré et tourne dans de bonnes conditions, ce qui n'est pas évident si tu créés l'environnement toi-même.
-déboguage par le port série : l'arduino peut communiquer avec ton ordi par le câble USB, et donc t'envoyer des messages relatifs à son état. Très important pour savoir où tu as merdé :)
Si tu fabriques un seul exemplaire de ton circuit, c'est tout à fait envisageable d'utiliser un arduino plutôt que de recréer un environnement autour de l'atmega, même si c'est pas la mer à boire.
Question de choix, et de compétences. T'es un rebelle, tu fais tout comme le mec. Tu débutes, et t'es pas trop sûr de toi, achète un arduino, t'auras plus qu'à tirer des fils jusqu'à tes boutons, leds et potards. Et si entre temps ce projet t'emmerde, tu prends ton arduino et t'en fais autre chose.
Avec un arduino et quelques composants de base, tu peux débuter à l'aise dans la programmation, dans de bonnes conditions. Ça t'évitera pas mal de prises de tête.